Najwyższą instytucją naukową w Holandii jest Holenderska Królewska Akademia Nauk w Amsterdamie, założona w 1808 roku. Badania naukowe w skali ogólnopaństwowej organizują i finansują 3 instytucje:

• Holenderska Organizacja Badań Naukowych (NWO), założona w 1988 roku, w zakresie badań podstawowych,
• Holenderska Organizacja Zastosowań Nauki (TNO), założona w 1930 roku, w zakresie badań stosowanych,
• Holenderska Fundacji Badań Naukowych nad Tropikami (WOTRO) – w zakresie szeroko rozwiniętych w Holandii badań nad obszarami międzyzwrotnikowymi.

W Holandii działają 44 wielkie instytucje pozauniwersyteckie pracujące we wszystkich dziedzinach nauki oraz 10 uniwersytetów w:

• Lejda (założony 1575),
• Groningen (założony 1614),
• Amsterdam (założony 1632),
• Utrecht (założony 1880),
• Rotterdam (założony 1973),
• Amsterdam (uniwersytet kalwiński, założony 1880),
• Nijmegen (uniwersytet katolicki, założony 1923),
• Tilburg (uniwersytet katolicki, założony 1927),
• Haarlem (uniwersytet otwarty, założony 1984),
• trzy politechniki:
  • Delft (założony 1842),
  • Eindhoven (założony 1956),
  • Enschede (założony 1961),

ponadto działa piętnaście instytucji o statusie uniwersytetów oraz wiele wyższych szkół zawodowych.